5 марта 1999 года, состоялись первые роды в Клинике акушерства и гинекологии. С 2000 года клиника реорганизована в Центр охраны материнства и детства, а уже с 2001 года – в Перинатальный центр.
Послеродовое отделение (в дальнейшем переименовано в Акушерское Физиологическое отделение) впервые начал работать на одной территории с Отделением Новорожденных. С первого дня открытия Перинатального Центра НЦМ и появления первых пациентов метод совместного пребывания МиД стал политикой Центра, которую проводит персонал послеродового отделения и отделения новорождённых. Основная цель работы Отделения – оказание медицинской и психологической помощи родильницам. Заведующая АФО, Отличник Здравоохранения РС (Я) и РФ ветеран труда, врач высшей квалификационной категории Алла Николаевна Ермолова. Ее врачебный стаж – 40 лет. После окончания медико-лечебного факультета Якутского государственного университета им. М.К. Аммосова в 1982 году и интернатуры на базе Якутской городской больницы в 1983 году работала в качестве врача акушер-гинеколога Якутской городской больницы. В отделении много лет работали высококлассные врачи Палестинова Тамара Андреевна, Кириллина Галина Сергеевна, Ефимова Вера Николаевна. Многие сегодняшние руководили МУ и отделений работали в АФО. И хорошо работали. Первая старшая акушерка послеродового отделения – Ирина Еремеевна Семенова, отличник здравоохранения РС (Я). В настоящее время старшей акушеркой работает Алена Прокопьевна Тектясова. С момента открытия по сегодняшний день работают высококвалифицированные специалисты процедурная медсестра Барамыгина Мария Прокопьевна и постовая акушерка Атласова Анджела Константиновна.